La Fondation SADAOC est dotée des organes suivants :
a- Au niveau régional
- Le Conseil d’Administration de la Fondation SADAOC qui est l’instance suprême de gestion de SADAOC au niveau régional. A ce titre, il définit l'orientation et les lignes directrices du Programme.
- Le Secrétariat Exécutif, organe exécutif de SADAOC chargé de la gestion administrative et financière de SADAOC. Il assure la coordination de l’ensemble des activités et entretient des relations privilégiées avec les différents partenaires de SADAOC.
- Le Comité Consultatif dont le rôle est d’évaluer les activités de SADAOC et de faire des recommandations au Conseil d’Administration de SADAOC
b- Au niveau des pays membres
- L'Assemblée Générale du Réseau National qui assure les fonctions délibératives du Réseau National.
- Le Comité de Gestion (CG) du réseau national, organe exécutif du Réseau National chargé d'élaborer et de gérer les activités quotidiennes du Réseau National et exécuter les décisions du Conseil d'Administration de la Fondation.
- L'administration du réseau national qui assiste le Comité de Gestion dans l'administration générale du Réseau National en assurant notamment la gestion administrative et financière, ainsi que la gestion des programmes.
c- Conférence Ministérielle et Groupe de Réflexion
En plus des organes statutaires présentés ci-dessus, la Fondation bénéficie de l'appui des responsables des pays membres à travers une conférence ministérielle qui formule des recommandations pour l'amélioration de ses performances.
La Fondation envisage également la mise en place d'un groupe de réflexion sous forme d'assemblée consultative qui aura pour rôle d'examiner chaque fois que de besoin, l'ensemble de ses activités et formuler des recommandations au Conseil d'Administration.